GDR CNRS 3003 Bioinformatique Moléculaire
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Colloque 2009 du GDR de Bioinformatique Moléculaire

Le colloque se tiendra les 12-13 Novembre à Paris à l'Institut Henri Poincaré (plan d'accès).
L'explosion récente des données de biologie moléculaire (génomes, transcriptome, protéome, cristallographie, RMN, spectrométrie de masse) entraîne le développement de nouvelles méthodologies de traitement de l'information associées à un changement d'échelle des problèmes étudiés. Ce colloque abordera les divers aspects de cette évolution dans les domaines de l'informatique, des mathématiques et de la physique, depuis le développement algorithmique jusqu'à l'analyse des expériences à haut débit.

Le colloque regroupera des interventions dans les différentes thématiques animées au sein du GDR :

• Analyse de séquences
• Evolution, phylogénie, génomique comparative
• Structure et interactions des macromolécules
• Transcriptome, protéome, réseaux biologiques
• Représentation des connaissances, ontologies, intégration de données

Orateurs confirmés

• Pascal Auffinger (IBMC, Strasbourg)
• Philipp Bucher (Lausanne, Suisse)
• Gilles Curien (CEA, Grenoble)
• Catherine Etchebest (Université Paris 7)
• Toni Gabaldon (Barcelone, Espagne)
• Mads Kaern (Ottawa Institute of Systems Biology, Canada)
• Sophie Lebre (Université de Strasbourg)
• Ulf Leser (Humboldt University, Berlin)
• Cédric Notredame (Barcelone, Espagne)
• Gil McVean (Oxford University, UK)
• Hadi Quesneville (INRA, Versailles)
• Eric Rivals (LIRMM, Montpellier)
• Eduardo Rocha (Institut Pasteur, Paris)

Programme provisoire

Thursday 12th of November

• 10h00-10h15 : Opening remarks
• 10h15-11h55 : Structure and interactions of macromolecules
  • 10h15 : Catherine Etchebest (Université Paris 7) "Proteins and Membrane: An intimate story"
    Abstract
  • 11h05 : Pascal Auffinger (IBMC, Strasbourg) "RNA systems: an ecology of interatomic interactions"
    Abstract
• 12h00-14h00 : Lunch
• 14h-16h : Sequence analysis
  • 14h00 : Cédric Notredame (Barcelone, Espagne) "upcoming challenges for multiple sequence alignment methods in the genomic era"
    Abstract
  • 14h50 : Philip Bucher (Swiss Institute of Bioinformatics) "Genome feature correlation analysis: A universal approach to study DNA function"
    Abstract
  • 15h25 : Hadi Quesneville (INRA, Versailes) "Genomes and transposable elements"
    Abstract
• 16h-16h30 Coffea break
• 16h30- 18h30 : Evolution, phylogeny and comparative genomics
  • 16h30 : Gil McVean (Oxford University, UK) "The 1000 Genomes Project"
    Abstract
  • 17h20 : Toni Gabaldon (Barcelone, Espagne) "Dealing with orthology and paralogy in the genome era"
    Abstract
  • 17h55 : Eduardo Rocha (Institut Pasteur, Paris) "Horizontal gene transfer drives bacterial cooperation"
    Abstract
• 18h30-20h00 : Cocktail

Friday 13th of November

• 9h-9h40 : Next Generation Sequencing
  • 9h : Eric Rivals "Investigating the transcriptomic repertoire based on High Throughput Sequencing data"
    Abstract
• 9h40-10h30 : Knowledge representation, ontology, data integration
  • 9h40 : Ulf Leser (Humboldt Univertisy, Berlin) "Computing with Phenotypes: Building and Using a Phenotype Ontology"
    Abstract
• 10h30-11h : Coffea break
• 11h-12h30 : Discussion with French institutions
• 12h30-14h30 : Lunch
• 14h30-16h30 : Modeling, analysis and inference of biological networks
  • 14h30 : Mads Kaern (Ottawa Institute of Systems Biology, Canada) "Reconstructing gene networks by epistatic analysis of phenotype and expression data"
    Abstract
  • 15h20 : Sophie Lebre (Université de Strasbourg) "Statistical inference of the time-varying structure of gene-regulation networks"
    Abstract
  • 15h55 : Gilles Curien (CEA, Grenoble) "Understanding the regulation of aspartate metabolism using a model based on measured kinetic parameters"
    Abstract
• 16h30-16h45 : Closing remarks

Administrateur du site : Jérôme Azé (Équipe Bioinformatique - LRI)